最主要的差异是药剂的选择方式：
一般的西医在药剂上的选择是根据诊断结果（病名）。所以罹患同一种病的所有病患，都会被施予相同的药物。例如，当一个病患被西医诊断罹患肺炎时，他就会像其它的肺炎病患一样被施予抗生素，这是因为肺炎乃是由细菌引起的。

顺势疗法并不是以病名来决定治疗的药物，而是依据病患所表现出来的个别症状来决定该施予何种顺势药物。也就是说，就算两个人得到相同的疾病，顺势医生有可能因为病患所表现出来的不同症状而给予不同的顺势药物。顺势药物是依据相似的规则来选择，就如同前面所提到，若将某种顺势药物让健康人体服用后，会产生和病患相似的症状，那么这种顺势药物就可以帮助这个病患恢复健康。

举例来说，当你在厨房切洋葱时，你会因洋葱的刺激而不停的流鼻水、掉眼泪，这就是洋葱（顺势药物）在健康人体实验上所引起的症状。所以当你因一般感冒或过敏产生类似的症状时，顺势医生就会给你顺势药物－Allium cepa来进行治疗。但Allium cepa并不适合用于全部流鼻水症状的疾病，它只适合治疗那些产生类似切洋葱流鼻水症状的疾病。如果你的鼻涕是带血的、黄色的、绿色的或黏稠的，就没有办法用Allium cepa来治疗，因为它只适合用于像切洋葱时所产生流鼻水症状的疾病。

又例如，在深夜里来一杯香醇可口的咖啡，可以让你的思虑清晰，赶走瞌睡虫，让你精神振奋。这就是咖啡这个药物在健康人体上所产生的反应。如果你正因为在深夜时，思虑太多、精神振奋而导致的失眠症所苦恼的话，那么顺势药物－Coffea就可以帮助你一夜好眠。相同的，Coffea并不适用于所有的失眠症，它只适合用于那些类似因喝太多咖啡导致太振奋，而睡不着的失眠症患者。

我们由以下的例子来进一步说明，依据症状来治疗的顺势疗法，和一般西医依据病名来进行治疗的不同之处：如果你有发烧、咳嗽和咳痰等罹患肺炎的症状，一般西医会依据这些症状再加上X光片的检查，开抗生素给你服用，而所有罹患肺炎的患者都会用抗生素进行治疗。但对顺势疗法来说，以上的症状还不够让一个顺势医生选择正确的顺势药物。顺势疗法需要一些更仔细的症状说明，如在温暖的房间会使咳嗽恶化，发烧时会感到口渴，早上十点钟的时候会觉得冷。尤其是哪些特殊情况时，会导致症状的加剧或缓和，这些讯息对顺势药物的选择是非常重要的。病患对于本身症状的观察与说明越详细，可以帮助顺势医生越容易找到最适合该病患的顺势药物。例如，在温暖的房间中咳嗽会变严重，在温暖的环境中耳朵的疼痛会减轻，以左边侧躺的方式可以让背痛减缓……等，都是很清楚的症状描述例子。（请参阅问诊内容）

再来，第二个差异是药物的来源：

顺势药物的制造方式和一般的西药完全不同。所有顺势药物的来源，约有80%来自于天然植物，15%来自于天然矿物，5%来自于一般动物，因为顺势药物是经过多次高倍率的稀释后，所得到的产物，所以顺势药物完全没有一般西药的副作用。（请参阅药力强度）