两者的治疗方法有别。芳香疗法主要运用按摩、香熏、沐浴等手段,让精油等芳疗物质通过人的皮肤、呼吸道等吸收进入人体,从而达到治疗效果;而祖国传统中草药疗法,主要依靠煎煮草药汤剂、蒸炼蜜制药丸(少数熏炙如艾草、外敷如蓟草等)入口,由人体肠胃吸收,从而达到治疗目的;。